今日はドラえもんの誕生日。ドラえもんをおどろかせるようなものをプレゼントしたいと考えたのび太は、ジャイアンとスネ夫から裏山で虹色にかがやくチョウを見たと聞き、それ()をつかまえてプレゼントにしようと思いつく。ところがそれはジャイアンたち()がついたウソだった…。
落ち込ん()だ()のび太が帰宅すると、ドラえもんが庭で潜水艦()(せん()す()いかん)のようなものを修理していた。ドラえもんによ()ると、それは潜水()艦で()はなく潜地艦(せんちかん)で、地中を進むことができるのだという。
() そこへ突然、2階ののび太()の部屋の窓か()ら、覆面(ふくめん())()をつけた何者かが落ちてくる。しかも、その人物とドラえもんの手がリングでつながれてしまったから大変! 2人がおどろいていると、その謎の人物はそのまま潜地艦を発進させてしまう…。
わけがわからないまま、謎の覆面と地中を進みだした()のび太とドラえもん。だが()、その覆面を取()ると現れたのは、かわいい女の子“ラピス”だった。彼女は宇宙から来た天才科学者だと名乗り、「あなたたちは、今()から私が行く宝探しのパートナーに選ばれたのよ!」と()言う()。ド()ラえもんはラピスを怪しむが、ラピスが話す宝の中に虹色のチョウがいると()聞いたのび太は、大乗り気! 2人は、彼女の宝探しを手伝うことに…。
一方、兄にプ()レゼント()を届け()にやって来たドラミは、未来の警備隊(けいびたい)からドラえもんたちが凶悪犯(きょうあ()くはん)に誘()拐(ゆうか()い)された可()能性がある()と聞き、警備隊と共にドラえもんたちを追うことに。はたして、虹色のチョウは手に入るのか!? そ()して、ラピスの()本当の正体とは…!?
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